El máximo órgano de dirección de la Organización es el Consejo, formado por representantes de los países miembros de Intersputnik, que toma las decisiones sobre los objetivos estratégicos a largo plazo y la política general de Intersputnik

La Dirección, encabezada por el Director general, es el órgano ejecutivo y administrativo permanente de la OITC Intersputnik. La Dirección garantiza el trabajo de la Organización y el funcionamiento del complejo cósmico de Intersputnik, así como el establecimiento y mantenimiento de relaciones amistosas y económicamente beneficiosas en los marcos de la Organización.

El control de la actividad financiera de Intersputnik es realizada por la Comisión revisora, compuesta por tres miembros elegidos entre los ciudadanos de los países miembros de la Organización.