La direction, dirigée par le Directeur général, est l'organe exécutif et administratif permanent d'Interspoutnik. La Direction assure le travail de l'Organisation et le fonctionnement du complexe cosmique Interspoutnik, ainsi que l'établissement et le maintien de relations amicales et économiquement mutuellement bénéfiques au sein de l'Organisation.

Les activités financières d'Interspoutnik sont contrôlées par la Commission de contrôle composée de trois Membres choisis parmi les ressortissants des pays membres de l'Organisation.